On peut y distinguer trois périodes dans la présence des Missionnaires Fils du Coeur Immaculé de Marie ou Missionnaires Clarétains.

Il y a eu une première implantation de 1868 à 1880. Comme leur Fondateur ils ont dû prendre la route de l'exil suite à la révolution de septembre 1868 que les Espagnols appellent simplement « la septembrina » ou « La Gloriosa ». La Congrégation fut déclaré hors la loi et dut chercher refuge de ce côté-ci des Pyrénées pour assurer sa survie en pourvoyant notamment à la formation des Novices et Scolastiques. Le Supérieur Général, P. Joseph Xifré, établit d'abord une petite communauté à Perpignan et loua ensuite une maison qui venait d'être achevée à Prades. C'est ici que Saint Antoine-Marie Claret est venu rejoindre ses Missionnaires après la suspension du Concile Vatican I en 1870. Il apparut aux séminaristes très affaibli. Menacé d'extradition il dut partir incognito vers l'Abbaye de Fontfroide où il mourut le 24 octobre 1870. Entre temps les candidats ne cessaient d'affluent venant de l'Espagne et Prades devint étroit. La générosité du Chanoine Roca, de Perpignan, y remédia en donnant à la Congrégation la partie d'un ancien
couvent de capucins qui lui appartenait à Thuir. La communauté s'y organisa 'à partir de juin 1872, assurant des prédications de missions populaires en catalan et la formation de Novices et Scolastiques. Le Gouvernement de la République les expulsa en 1880. Lors de l'expulsion elle comptait 9 prêtres, 65 scolastiques et 5 frères auxiliaires. Prades et Thuir ont eu un rôle très important dans le développement de la Congrégation, non seulement parce qu'elles ont assuré sa continuité, mais plus particulièrement parce que c'est à partir de Prades et de Thuir qu'elle a pris l'envol international, d'abord à Alger et ensuite au Chili.

La présence clarétaine se maintiendra encore en France pendant une dizaine d'années et ce n'est qu'en 1892 que la communauté de Thuir sera définitivement supprimée. Et ce n'est qu'en 1913 que les clarétains retourneront en France pour la fondation de la Mission Espagnole de Paris. C'est la période qu'on pourrait appeler des « Missions Espagnoles », car les Clarétains vont s'établir ensuite à La Plaine Saint Denis (1920) et à Marseille (1923). La présence en France s'inscrivait dans un projet d'insertion en Europe. Pendant cette période, des fondations ont eu lieu en Italie, Allemagne, Autriche et Angleterre. Le fait de se cantonner aux « missions espagnoles » obéissait à une stratégie pour pouvoir entrer en France où les communautés religieuses étaient illégales. Les Missions espagnoles étaient sous la protection du Gouvernement espagnol, notamment celles de Paris (église de l'Ambassade) et de Saint Denis. Elles répondaient aussi à un projet apostolique de rejoindre les plus abandonnés de la société. C'est cela qui est à l'origine des démarches pour l'établissement des ces communautés. Plus tard dans les années 30 viendra la fondation de Narbonne, -mais dans une autre perspective : préparer d'une part un refuge contre la persécution religieuse qui s'annonçait en Espagne et d'autre part organiser un centre pour l'accueil de vocations. Les événements, la guerre civile espagnole et la guerre mondiale, en disposèrent autrement.

La troisième période commence en 1949 sous l'impulsion du nouveau Général, P. Peter Schweiger, dans le dessein d'internationaliser la Congrégation et élargir les horizons missionnaires. Commence alors la diversification ministérielle et l'organisation systématique de l'accueil des vocations cherchant des implantations dans les zones où elles abondaient. Les Missions espagnoles seront le point de départ mais l'orientation sera vers les travails apostoliques dans les activités et structures diocésaines. Actuellement la Congrégation compte en France cinq communautés dont quatre (Marseille, Narbonne, Perpignan et Toulouse) constituent un Organisme Majeur et la cinquième (Paris) dépend directement du Gouvernement Général. Toulouse a deux centres, une paroisse (Sacré Coeur) et la maison centrale, maison en même temps d'accueil et de formation. Marseille a des ministères diversifiés (Mission Philippine et Mission espagnole) et une chapelle ouverte au public. Perpignan et Narbonne desservent des ensembles paroissiaux tout en assumant aussi d'autres responsabilités. L'effort d'internationalisation s'intensifie avec l'apport de jeunes clarétains de différents pays capables d'assurer l'enracinement et le développement de la Congrégation en France.